Prednison is berucht vanwege de vele bijwerkingen, vooral bij langdurig gebruik in een hoge dosis. Bekende gevolgen zijn: een opgezet gezicht, gewichtstoename, hoge bloeddruk, verhoogd suiker in het bloed, botontkalking, stemmingsveranderingen, verminderde wondgenezing en infecties.
Een langdurige behandeling met prednison kan onder andere leiden tot botontkalking, waardoor ook altijd preventief calciumtabletten gegeven worden om dit tegen te gaan.