Om de abnormale antistoffen die myasthenie veroorzaken te onderdrukken, kunnen middelen gebruikt worden die de afweer onderdrukken, zoals prednison/prednisolon en azathioprine (Imuran). Vanwege de nadelen van langdurig gebruik van prednison, wordt dit middel meestal voor korte tijd in een hoge dosering gebruikt. Op lange termijn wordt geprobeerd dit middel zoveel mogelijk af te bouwen en er het liefst helemaal mee te stoppen. Prednison kan dan worden vervangen door andere immunosuppressieve middelen, die er langer over doen om te werken (3-12 maanden), maar minder bijwerkingen hebben.