De oorzaak van myasthenie verschilt per type, maar ligt bij alle auto-immuun vormen in het immuunsysteem. Daarom worden deze ziekten ook tot de auto-immuunziekten gerekend. Bij een auto-immuun vorm van myasthenie maakt het lichaam afweerstoffen tegen AChR, MuSK, LRP4 of VGCC aan. Die afweerstoffen bemoeilijken de overdracht van signalen van de zenuwen naar de spieren via de synapsen of maken die zelfs onmogelijk.
Deze vier vormen van myasthenie zijn niet erfelijk.
Bij een klein deel van de patiënten met myasthenie is er wel een genetische oorzaak. Deze mensen hebben geen van de genoemde afweerstoffen in hun bloed.